Der jüngste Betriebszweig der Gemeindewerke ist die Wärmeversorgung. Im September 1999 ging die neue Heizzentrale in der Hauptschule in Waging a. See in Betrieb. Die Wärme wird mit einem Gasheizkessel, einem Ölheizkessel und einem Blockheizkraftwerk erzeugt. Mit einer Gesamtwärmeleistung von 877 KW werden die Grundschule, die Hauptschule mit Turn- und Mehrzweckhalle, der Kindergarten und die Montessorischule beheizt. Durch die optimierte Verbrennungstechnik der neuen Heizzentrale wurde neben der deutlichen Verringerung des Schadstoffausstoßes eine Einsparung von ca. 30.000 m³ Erdgas (entspricht ca. 30.000 Ltr. Heizöl) pro Jahr erreicht.

Das Blockheizkraftwerk mit 12 KW thermischer Leistung wird mit Erdgas betrieben und erreicht mit ca. 90 % einen sehr hohen Gesamtwirkungsgrad. Die Wärme, die für die Versorgung von 10 Einfamilienhäusern ausreichen würde, wird in die zentrale Heizanlage im Waginger Schulzentrum eingespeist. Außerdem erzeugt das sehr zuverlässig arbeitende BHKW pro Tag 120 KWh Strom, der in das öffentliche Stromnetz der Gemeindewerke eingespeist wird.